李茂贞垂翅，天子迁洛阳，王建复攻茂贞之秦、陇等州，茂贞削弱不能守。众将或劝建因取凤翔，王建说：“此言失策，吾所得已多，不俟复增岐下。茂贞虽常才，然名望宿素，与朱公力争不足，守境有余。韩生所谓入为扞蔽，出为席藉是也。适宜援而固之，为吾盾卤耳。”
朱温因统戎往来由于蒲津，以崇本妻素有姿色，嬖之于别馆。其妇素刚烈，私怀愧耻，遣侍者奚落崇本说：“丈夫拥旄仗钺，不能庇其伉俪，我已为朱公妇，今生无面目对卿，期于刀绳而已。”崇本闻之，但洒泪含怒。及昭宗自凤翔回京，崇本之家得归邠州。杨崇本耻其妻见辱，因兹复贰于朱温。乃遣使告李茂贞说：“朱氏兆乱，谋危唐祚，父为国家磐石，不可坐观其祸，宜于此时毕命兴复，事苟不济，死为社稷可也。”李茂贞乃遣使会兵于太原。
朱温奉辞东归，至大梁，听闻节度使杨崇本叛，乃遣朱友裕率师讨邠州。六月，时西川王建亦令大将出师以助之，岐、蜀连兵以攻雍、华，关西大震。朱温遣郴王朱友裕帅师御之，会友裕卒于行，朱温令刘知俊和康怀英守雍、华，乃班师。
甲辰，昭宗车驾至洛都，朱温与宰相百官导驾入宫。昭宗以朱温为宣武、宣义、护国、忠武四镇节度使。朱温请以郓州授张全义，昭宗许之。
一日，昭宗自己起草了两份赦书，一份副本。没想到第二天就全部不见了。昭宗问身边的人：“谁拿了朕的文书？”身边没有人敢回答，朱温笑说：“臣昨天拾得一个文书，不知道是不是皇上的。”昭宗看了一下说：“正是此文书。”昭宗宴群臣，说：“昨来御楼前夜失赦书，赖梁王收得副本，不然误事，宰执不得无过矣。”朱温冷笑。
是日宴次，昭宗入内，召朱温于内殿曲宴，朱温不测其事，不敢奉诏。昭宗令人传旨说：“卿不欲来，即令敬翔人来。”朱温怕昭宗谋自己手下的第一谋士，乃密遣翔出，昭宗乃止。
辛巳，昭宗命朱温为相国，总百揆。以宣武、宣义、天平、护国、天雄、武顺、佑国、河阳、义武、昭义、保义、武昭、武定、泰宁、平卢、匡国、武宁、忠义、荆南等二十一道为魏国。进封朱温为魏王，入朝不趋，剑履上殿，赞拜不名，兼备九锡之命。朱温听闻昭宗赐自己九锡，大喜，想接受。敬翔对朱温说：“九锡礼器乃是天子才能使用，王应该三次拒绝才可以接受。”朱温乃坚让九锡之命。昭宗乃命宰相柳璨来使，且述揖让之意。柳璨，河东郡人，小时家境十分贫穷。柳璨日间以采柴为生，夜间读书，并以燃点树叶作照明。柳璨对史书的解释被当时的人认为是精辟而被推荐为官。唐昭宗亦对柳璨十分赏识，委任他为翰林学士。宰相崔胤被杀，授柳璨谏议大夫同中书门下平章事。虽然被皇帝赏识，但柳璨由于出身寒微，升迁过程太快从做官至拜相不到四年，故常被资历较长的大臣排斥。柳璨于是投靠有意称帝的朱温，希望借助他的势力巩固自己的地位。柳璨对朱温说：“汴王有大功于朝廷，接受九锡之命乃众望所归，王不必过于拘泥于礼教。”朱温想接受，李振在旁边咳嗽了两声，朱温又让九锡之命，诏略说：“但以鸿名难掩，懿实须彰，宜且徇于奏陈，未便行于典册。”昭宗于是改朱温诸道兵马元帅为天下兵马元帅。
朱温和李克用、刘仁恭常年交战，罗绍威飞挽馈运，自鄴至长芦五百里，叠迹重轨，不绝于路。又于魏州建元帅府署，沿道置亭候，供牲牢、酒备、军幕、什器，上下数十万人，一无阙者。及朱温回自长芦，复过魏州，罗绍威乘间对朱温说：“邠、岐、太原终有狂谲之志，各以兴复唐室为词，王宜自取神器，以绝人望。天与不取，古人所非。”朱温深感之。
唐昭宗到洛下，一日，游览福先寺，见身边无人，昭宗对枢密使蒋玄晖说：“德王是朕的爱子，朱温为什么一定要废黜他，还想把他杀掉？”说罢，伤心落泪，还将中指咬得血流。蒋玄晖将以上情况一五一十地全都报告给朱全忠知道，由此，朱全忠转而愤恨唐昭宗。
乙丑，朱温西征，朝于洛阳，发东都，至河中，密令氏叔琮与朱友恭弑昭宗。朱友恭害怕不已，与氏叔琮谋说：“弑君乃弑父，天下人共恨之，我们该怎么办？”氏叔琮说：“汴王暴烈，不听其命令只有死路一条。”朱友恭无奈，于是通知蒋玄晖。
天祐元年（904年）八月十一日壬寅夜，朱友恭乃与氏叔琮、枢密使蒋玄晖入率兵提剑入大内，玄晖每门留十人，至东都椒殿院，斩杀昭宗河东夫人裴贞一，昭仪李渐荣在门外大惊，道：“院使莫伤官家，宁杀我辈。”昭宗闻讯，身着睡衣绕着殿内的柱子逃命，被朱温的史太追上，朱友恭和氏叔琮双双拔剑，李渐荣以身体护昭宗，一起被杀。何皇后向蒋玄晖跪地求饶，免得一死。
翌日，蒋玄晖矫宣遗诏，说：“我国家化隋为唐，奄有天下，三百年之睹兵戈之屡起，赖勋贤协力，宗社再安。岂意宫闱之间，祸乱忽作，昭仪李渐荣、河东夫人裴贞一潜怀逆节，辄肆狂谋，伤疻既深，已及危革。万机不可以久旷，四海不可以乏君，神鼎所归，须有缵继。辉王祚幼彰岐嶷，长实端良，裒然不群，予所钟爱，必能克奉丕训，以安兆人。宜立为皇太子，仍改名柷，监军国事。于戏！孝爱可以承九庙，恭俭可以安万邦，无乐逸游，志康寰宇。百辟卿士，佑兹冲人，载扬我高祖、太宗之休烈。“是日迁神柩于西宫，文武百僚班慰于延和门外。
午时，又矫宣皇太后令说：“予遭家不造，急变爰臻，祸生女职之徒，事起宫奚之辈。皇帝自罹锋刃，已至弥留，不及顾遗，号恸徒切。定大计者安社稷，纂丕图者择贤明，议属未亡人，须示建长策。承高祖之宝运，医元勋之忠规，伏示股肱，以匡冲昧。皇太子柷宜于柩前即皇帝位，其哀制并依祖宗故事，中书门下准前处分。于戏！送往事居，古人令范，行今报旧，前哲格言。抆泪敷宣，言不能喻。“昭宣帝时年十三，乞且监国，柩前即位，宜差太常卿王溥充礼仪使，又令太子家令李能告哀于十六宅王。
丙午，大行皇帝大殓，皇太子李柷柩前即皇帝位。蒋玄晖矫制说：“昭仪李渐荣、河东夫人裴贞一，今月十一日夜持刃谋逆，惧罪投井而死，宜追削为悖逆庶人。“蒋玄晖夜既弑逆，诘旦宣言于外说：“夜来帝与昭仪博戏，帝醉，为昭仪所害。“归罪宫人，以掩弑逆之迹。
十月，朱温返回洛阳，得知昭宗已死，故意假装震惊，伏于棺材大哭说：“奴辈负我，令我受恶名于万代！”乃以不理军政责氏叔琮，流放为白州司户，寻赐自尽。以慢于军政，贬朱友恭为崖州司户，复其本姓名李彦威，与氏叔琮同日赐死。叔琮将死，呼说：“卖我性命，欲塞天下之谤，其如神理何！”李彦威临刑诉天说：“天若有知，朱温他日亦当如我。”
明年，朱温用史太为棣州刺史，以酬弑逆之功。朱全忠命蒋玄晖诱杀李氏诸王，蒋玄晖目露凶光在西内宫中的九曲池设宴，对外宣称：”祭祀地神“。邀请诸王前来赴宴。诸王心惊胆颤的来到九曲池，蒋玄晖热情的招待他们，正当宴饮酣畅之际，卫士突入冲入，众王大惊，德王李裕对蒋玄晖说：”枢密使你想干什么？“蒋玄晖说：”奉魏王命令，将德王李裕、棣王李祤、虔王李禊、沂王李禋、遂王李祎、景王李秘、祁王李祺、雅王李禛、琼王李祥一干人等诛杀。“众王个个逃命，卫士一刀一个，将李氏诸王全部杀害。蒋玄晖令沉尸于九曲池水中，昭宗诸子仅剩下昭宣帝，昭宣帝听闻诸王兄被害，害怕不已，于是有禅让之意。
甲辰，昭宣帝遣御史大夫薛贻矩来传禅代之意。薛贻矩拜见朱温，陈北面之礼，朱温揖之升阶。贻矩说：“殿下功德及人，三灵所卜已定。皇帝方议裁诏，行舜、禹之事，臣安敢违。”朱温让之。
赵匡凝气貌甚伟，好自修饰，每整衣冠，必使人持巨鉴前后照之。对客之际，乌巾上微觉有尘，即令侍妓持红拂以去之。家人有误犯其家讳者，往往遭其用茶木做的棍子打，其家教甚严如此。朱温将期受禅，以赵匡凝兄弟并据籓镇，乃遣使者先谕旨说：“天有阴晴，月有圆缺，四季交替乃人之常情，现在大唐气数已尽，汴王威望日隆，以朱代李民心所向，不知道节度使意下如何？”赵匡凝对使者流涕，答说：“臣受国恩深，岂敢随时妄有他志。”使者复命，朱温大怒。
天祐二年秋七月，朱温遣杨师厚和贺瑰率师讨伐赵匡凝。八月，朱温亲领大军南征，仍请削匡凝在身官爵。及杨师厚济江，赵匡凝见师厚半渡，乃以兵数万逆战，杨师厚怒对众将士说：“大家都给我死战，退后者斩。”赵匡凝大为师厚所败，匡凝乃燔其舟，单舸急棹，沿汉而遁于金陵。杨师厚由阴谷伐木为梁，匡凝以兵二万濒江战，又大败，乃燔烧州城，单舸夜奔扬州。杨行密见之，笑说：“君在镇，轻车重马输于贼，今败，乃归我邪！”赵匡凝惭愧说：“吾无德无能位居诸侯，天子有难吾不能伸其冤。现在只身来投，希望吴王接纳！”杨行密说：“与公开玩笑。”乃以厚礼相待。
既平襄州，朱温遣杨师厚乘胜以趋荆门，赵匡凝弟匡明惧，率军奔亦谋奔淮南，谋士子承规谏说：“昔诸葛兄弟分仕二国，若适扬州，是自取疑也。”赵匡明谓然，乃举族上峡奔蜀，王建待以宾礼。荆、襄二州平，朱温表杨师厚为山南东道节度留后，权领襄州。以贺瑰为荆南两使留后，权领荆州。
唐自昭宗迁都之后，王室微弱，朝廷班行，备员而已。李振皆颐指气使，旁若无人，朋附者非次奖升，私晋者沈弃。李振每自汴入洛，朝中必有贬窜，故唐朝人士目为“鸱鸮”。二年五月，西北长星竟天，扫太微、文昌、帝座诸宿，占者仇殷对朱温说：“妖星谪见，君臣俱灾，宜刑杀以应天变。”朱温大惊。正好蒋玄晖、张廷范谋杀衣冠宿望难制者，柳璨即首疏素所不快者三十余人，上报给朱温，朱温下令相次诛杀。朝廷班行为之一空，冤声载路。伤害既甚，朱温心恶之。柳璨谮杀大臣裴枢、陆扆等七人于滑州白马驿，李振听闻后大喜，因振自以咸通、乾符中尝应进士举，累上不第，尤愤愤，乃对朱温说：“此辈（裴枢、陆扆等）自谓清流，宜投于黄河，永为浊流。”朱温笑而从之。
朱温想早点登上皇位，屡次来信催蒋玄晖和柳璨向昭宣帝施压，蒋玄晖和宰相柳璨谋说：“朱温乃野兽，毫无情义，鸟尽弓藏，兔死狗烹，朱友恭和氏叔琮都做了其替死鬼，如果让其一朝登上皇位，下两个就是我们。”柳璨然之，说：“现皇帝在我们手中，我们应该讨厌朱温登基的时间，等诸侯群起讨伐他，我们再从中取利。”蒋玄晖和柳璨乃回信说：“魏王应该仿效汉魏以来的规矩，先封大国，加九锡，然后受禅。”朱温不喜，正好宣徽副使王殷、赵殷衡和蒋玄晖、柳璨争权，乃诬告蒋玄晖和宰相柳璨忠于唐朝，朱温于是以杀害王子为借口斩蒋玄晖，追削蒋玄晖为凶逆百姓，在城门外焚尸扬灰。王、赵又诬告何太后和蒋玄晖有染，朱温大怒，令王殷、赵殷衡在积善宫杀死太后，敕追废太后为庶人。随后柳璨亦被送往刑场斩首，柳璨临刑大叫：“负国贼柳璨，死宜矣！”。