熊逊在当上司隶校尉不久之后，通过贿赂尚书令，让郭劲当上了冯翊太守，秘密从各地收编流民，有万余人，以屯田为耳目，驻扎在冯翊一带。
从成功的拉拢徐荣之后，熊逊的势力就已经进入到了洛阳一带。一年多来的经营已经有不少的人口又重新回到了洛阳城中，平安村整个村也被熊逊搬到了洛阳城中。由于各地战乱不断，从南阳和河北逃来的难民数量有几十万之众，加上先前逃跑脱籍的洛阳一带的百姓，洛阳城又渐渐的恢复了以往的生机。洛阳城中的兵力增加的很快，才没几个月时间就有了二万人左右的部队。熊逊军大部分的都是兵农不分离的，农民也要在空闲的时候参加各村，街道组织的军事训练，如果需要洛阳城可以组织起来近十万人的民兵队伍。
牛辅自从上次被董卓派去了羌地，在那个荒凉的地方住了整整半年，才被董卓调回长安，内中原有当然是靠董白一直的努力。入关以后，董卓的大部队就驻扎长安东面，带兵大将就是牛辅，总兵力有五万之众，分散在潼关和函谷关之间的众多城池内，一是防止关东西进长安，二是离长安比较近，震慑长安一带的各个势力。
长安城中，司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、尚书杨瓒等密谋除掉董卓。董卓知道自己待人寡恩无礼，害怕遭到暗害，无论去什么地方，都常常让吕布做自己的随从侍卫，对他十分宠信。但是董卓性情刚愎，曾经为了一件不合自己心意的小事，拔出手戟掷向吕布。吕布身手矫健，避开手戟，之后在李儒的中介下向董卓道歉，董卓这才息怒作罢。吕布从此暗中怨恨董卓。董卓又命吕布守卫中，吕布乘机与董卓的一位侍女貂蝉私通，越发心中不安。
王允一向待吕布很好。吕布见王允时，主动说出几乎被董卓所杀的事情，于是王允将诛杀董卓的计划告诉吕布，并让他做内应。
吕布说：“但我们有父子之情，怎么办？”
王允说：“你自姓吕，与他本没有骨肉关系，如今顾虑自己的生死都来不及，还谈什么父子！他在掷戟之时，难道有父子之情吗！”
吕布于是应允。
这年的三月份，熊逊知道董卓马上就要死了，偷偷的把钱庄的账目和资金都转移到了洛阳，熊逊借口生意上的事，向董卓请假去了洛阳。董卓对于熊逊是特别的喜爱，因为熊逊不但是董卓的孙女婿，而且还不断的献上钱帛，于是就满口答应。
熊逊带着人马离开长安的时候，看了一下高大的长安城，心中嘀咕：我这样子一走了之，是不是对不起董卓呢？也算是董卓自己作孽太多的报应吧。
四月，献帝患病初愈，在未央殿大会朝中百官。董卓身穿朝服，乘车入朝。从军营到皇宫的道路两侧警卫密布，左侧是步兵，右侧是骑兵，戒备森严，由吕布等在前后侍卫。
王允命士孙瑞自己书写诏书交给吕布。吕布让同郡人、骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫等十余人冒充卫士，身穿卫士的服装，埋伏在北掖门等待董卓。董卓一进门，李肃举戟刺去，董卓内穿铁甲，未能刺入，只伤了他的手臂，跌到车下。
董卓回头大喊：“吕布在哪里？”
吕布说：“奉皇帝诏令，讨伐贼臣！”
董卓大骂说：“狗崽子，你胆敢如此！”
吕布没等董卓骂完，就手持铁矛将他刺死，并催促士兵砍下他的头颅。主簿田仪及董卓的奴仆扑到董卓的尸前，又被吕布杀死。
吕布随即从怀中取出诏书，命令官兵们说：“皇帝下诏，只讨董卓，其他人一概不问。”
献帝任命王允主持尚书事务，吕布为奋威将军，假节，礼仪等待遇均与三公相等，封温侯，与王允一起主持朝政。
吕布劝王允赦免董卓的部曲，把董卓的财物赏赐给朝中大臣及统兵将领，王允又没有答应。王允一向把吕布视为一员武将，不愿他干预朝政。而吕布认为自己诛杀董卓有功，到处夸耀。吕布既然屡次失望，心中渐渐对王允产生了意见。
董卓被杀时，牛辅屯于陕地。董越逃出长安到了牛辅的军营中。吕布派李肃前去征讨牛辅，被牛辅击败。这时候，董越见牛辅军战胜了李肃，就建议牛辅率军攻打长安。牛辅手下李傕、郭汜也赞同董越攻打长安。牛辅看到自己的手下也听董越的话，非常讨厌董越，想起来他还把女儿嫁给了熊逊，于是在晚上的时候，派了几个亲信杀死了董越。
当夜，牛辅营中有士兵半夜背叛出逃，造成内乱，牛辅以为整营皆叛，于是带着金银珠宝，独与亲信支胡赤儿等五六人出逃。支胡赤儿等人谋财害命，于途中将其斩首送往长安。
洛阳的熊逊第一件事情就是想投靠朝廷，谁知朝廷没有接受，反而发布了讨伐董卓余党的诏书。
这份诏书在洛阳反响很大。徐荣的部队中很多将士直接在军营里叫嚣着要杀了熊逊，还有一些则是密谋如何杀了熊逊；然而熊逊自己一手拉起来的队伍中，并没有那么突出的行为，但是还是有一些不稳定。
熊逊赶紧召集各曲部的将领，商议如何行动的事情，这时候，已经有很多将领已经召唤不动了。
会议之后，熊逊第一件事就是给下属部队发放钱粮，大搞会餐，好像自己已经投靠朝廷一般。
私下里，熊逊对徐荣说：“徐将军，这次的部队哗变不能小视，弄不好就要波及整个部队。要快刀斩乱麻。”
接着就是抓反动的人。徐荣拟了一批名单之后，熊逊当夜就动员嫡系部队三千余人，进入徐荣的军营，拿下了将领五十余人，次日就在徐荣的军营中斩首。虽说这次叛乱最终还是被镇压下去了，但是可是有不少将军都带队离开了洛阳，有的投长安去了，有的去投袁绍，有的去投袁术，还有的想碰碰运气自立门户。