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畑俊六气急败坏，不顾鬼子细菌战专家的劝阻，强行下令对西山展开细菌战。
鬼子驻扎在南京的是‘荣1644‘细菌部队，细菌战专家小泉高介坚决反对：一、作为秘密武器，应该在关键时刻对支那政府军使用，对付武穆军这种民团使用细菌武器是大材小用；二、西山距南京太近，容易祸及自身；三、冬季温度低，不利于发挥细菌战的效果。无奈畑俊六一意孤行，小泉高介只好使用在冬季勉强还有效果的鼠疫。
鬼子飞机从高空投下大量的老鼠，老鼠身上则带着感染鼠疫菌的跳蚤。一时间，死神笼罩了西山大地。
随着瘟疫的传播，病号大量涌入紫微医院和武穆军总医院。马青翰不愧是留过洋的医学专家，虽然他不是学传染病科的，但很快就确认是鼠疫流行。王紫微在德国见过德军防化兵，马上组织卫生队加强自我防护：一、勤洗手、洗脸、洗衣物，消毒，二、接触病人要戴橡胶手套，没有橡胶手套就用缴获的避孕套替代。
周二狗等人听说瘟疫流行，马上开会听取马青翰、王紫微等人的汇报和建议。
二人先陈述情况，后提建议：目前瘟疫为鼠疫，应该是前一阶段鬼子飞机空投的老鼠所致；应对方法：1、禁止人员不必要的流动，2、广泛宣传鼠疫的发病特征，警告人们隔离、不许接触鼠疫患者，3、积极寻找治疗鼠疫的特效药，4、查找各方面有关鼠疫的资料，寻找控制鼠疫的方案，5、紧急上报政府，加强戒备。
戴笠很快派人给周二狗送来资料：
鼠疫也叫做黑死病，是流行于野生啃齿动物的疾病，是由鼠疫耶尔森菌引起的自然疫源性疾病。鼠作为重要传染源，人类主要是通过鼠蚤为媒介，经人得皮肤传入引起腺鼠疫，经呼吸道传入发生肺鼠疫。临床表现为发热、严重毒血症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向。均可发展为败血症，传染性强，死亡率高，
在世界历史上,鼠疫曾发生三次大流行,死亡人数数以千万计。分别是发生在公元6世纪，14世纪，18世纪，14世纪大流行时波及中国。
应对方案：
一、控制和预防
1管理传染源：灭鼠、灭蚤；监测和控制疫情；严格隔离病人；彻底消毒或焚烧病人分泌物与排泄物应；死于鼠疫者的尸体必须焚烧火化，火化病死的动物尸体。
2切断传播途径：减少人与人、人与畜的接触，对疫区进行隔离，对易感染区域进行消毒
3保护易感者：老年人、儿童、经期的妇女老年人、儿童、经期的妇女、医护人员应服用预防性抗菌药，尤其是医护人员应做好个人防护
二、救治
1、大量注射或口服消炎药
2、大量补充易吸收食物、盐分、水分。
马青翰、王紫微马上根据戴笠提供的资料调整部署：
1、马上编印防治鼠疫的常识、措施、制度等资料，组织人员诸村诸户的宣传、讲解，要求老百姓必须配合，否则全家枪毙。
2、制药厂全力生产灭鼠药、驱蚤药，免费发放给老百姓。
3、制修厂、装具厂全力生产捕鼠器，由部队组织安放，收集死鼠及其他野物进行火化。
4、不惜损坏设备，生产酒精的设备转为生产高浓度醋酸，由部队组织进行大面积喷洒消毒。
5、由部队控制、统计每村的疫情每天及时上报，控制人员流动，火化病死者遗体及动物尸体，对于不配合人员执行枪毙政策。
6、组织救护队，救护鼠疫患者。
正当武穆军被鬼子的细菌战搞得手忙脚乱时，救星到了，李景龙押运着从德国采购的物资到了，带来了大量磺胺类消炎药。李景龙之所以在上岸后如此顺利，全靠主管全国交通的戴笠支持。
经过一个多月的努力，武穆军终于将疫情控制住，但损失惨重：死亡救护人员及士兵117人，枪毙不配合老百姓34户，171人，宰杀病畜1597头，病死24797人，生产酒精的设备还在勉强运行生产醋酸，但注定全部报废，而且疫情只是控制住势头，死亡人数减少，但死亡情况还是每天都有。
随着疫情减轻，周二狗等人才放下心来。
周二狗看到瘟疫情况控制效果比较理想，就命令马青翰总结材料，上报给戴笠，让国军对鬼子的细菌战有所准备。
周二狗将师记伦、赵大虎、向青云、欧阳城、柳毛儿、李金山、陆敖、万子雄等人开了一个小会，讨论如何对鬼子进行报复。
万子雄抢先发言：“他妈的，鬼子跟咱们玩儿细菌战，咱们就死在他们家炕头上去，我带着患病的弟兄们和鬼子干上一仗，拉鬼子垫背！”
“扯淡！咱们不能让患病的弟兄去送死！再说了，患病的弟兄还没看见鬼子就死半路上了怎么办”师记伦呵斥万子雄，他们是一起从江湖到战火滚过来的，不用留面子。
“有道理！”欧阳城一反常态的支持万子雄，正规军出身的欧阳
城和这几个出身的首领平时总是想不到一块儿，虽然他挺佩服这些人精，但总跟不上他们的思路。
“怎么讲”好几个人异口同声。
“兔子也是啮齿动物，也可以传染鼠疫！”欧阳城解释。
“怎么回事”众人听不懂什么叫“啮齿动物”。
“兔子和老鼠是近亲，都可以传播鼠疫。咱们找些病死的老鼠，传染给兔子，再让兔子传染给鬼子！”欧阳城只好打比方，好让众首领明白。
“可是怎么把兔子送到鬼子那儿去我可不想因为这个再传染上一批弟兄！”周二狗表态，赵大虎、向青云等人一起赞同。
“我是没办法，但是马青翰、王紫微他们应该有办法，还有武大郎他们马戏团说不定也有办法。”
“马上去叫！”周二狗、师记伦、赵大虎、向青云四口同声。
等各路高人到了，欧阳城把感染鼠疫的兔子弄到鬼子兵营去的想法一说，众人都沉思起来。
过了一会儿，乔星竹咳了一声，然后不紧不慢的发言：“我倒是有个法子……”
周二狗派人从周侉子的养殖场提走2000支老种兔，养在山沟里，每天用鸦片熏7遍，让兔子上瘾。
救护队捡来的死老鼠也不火化了，还将一些活老鼠和死老鼠一起培养后弄死，然后一起装在避孕套里保存，扎好口的避孕套每天进行外消毒，而且存在隐蔽的地方。
舒金堂令人生产加长掷弹筒和特制掷榴弹。加长掷弹筒可以提高射程达800米，掷榴弹则用陶罐石灰掷榴弹，但把石灰换成鸦片、黑火药的混合物。
万子雄带队，由救护队训练一支混编敢死队，总计6个分队，每队10人，2名掷弹筒手，每人1具加长掷弹筒，5发特制掷榴弹，2名轻机枪手，每人1挺九六式轻机枪，5个弹夹，2名狙击手，每人一支狙击步枪，120发子弹，4名救护队队员，每人一笼3支兔子，死老鼠1支（避孕套密封）。
兔子吸鸦片上瘾后，每个分队领取兔子、死老鼠。然后分六路向南京、马鞍山、镇江、常州、江阴、无锡六个城市外的鬼子兵营出发。
万子雄带的分队到达秣陵鬼子兵营外，按预定流程执行：
掷弹筒手、机枪手分别在远离救护队员的侧后构筑阵地；
掷弹筒手发射5发特制掷榴弹后撤退，机枪手掩护，狙击手击毙鬼子哨兵及发现武穆军的鬼子；鬼子搜寻武穆军的阵地。
4名救护队员先用醋酸擦手然后将避孕套套在手上，打开保存死老鼠的避孕套，将死老鼠露出一半，另一半用手握住，往兔子身上涂抹，待笼子里的兔子闻到鬼子阵地飘来的鸦片味道，停供鸦片2天的兔子产生躁动，4名救护队员打开笼子放出兔子，见兔子朝鬼子兵营方向跑去，然后悄悄撤离。
在事先选定的隐蔽处，救护队员脱掉全身衣物，用醋酸擦拭身体后，换上接应人员提前准备好的衣物，点燃旧衣物，然后在远处狙击手、机枪手的掩护下撤退。
各分队撤到武穆军控制区，马上住进事先安排好的隔离观察室，每天吃药、洗澡。
观察10天后，各分队人员无一感染。鬼子各兵营开始传染鼠疫……
牛道嘉意犹未尽，带着手下在鬼子周围远远地转悠，用硬弩将写有“畑俊六将军亲启”字样的信封发射过去，发了几百封。
畑俊六接到信，打开一看，除了一撮毛毛，就寥寥数字：
搬起石头砸自己的脚无耳大爷
畑俊六看看信，又看看信里的碎毛，再联想到鼠疫，脸色开始发白，呼吸开始急促，歇斯底里的大喊一声：“军医－－－－”
鉴于鼠疫流行，当初鬼子不敢进攻武穆军，现在武穆军也不敢进攻鬼子，只能远远地监视，看鬼子折腾。
开春了，该种地了，西山的疫情也终于彻底扑灭了，只是没能过好春节，周二狗下令各地解除隔离禁令，开始春耕！
佟海来请示，欧洲、美国许多媒体聘请他为特约记者，他是不是可以发关于这次细菌战的稿，是否有要保密的环节周二狗等人批示同意，但如何操控兔子环节要保密，只提兔子不提操控。佟海顺利的发了一笔小财，欧洲媒体的稿费还是很可观的！
畑俊六还是通过参谋本部转来欧洲媒体的信息才明白如何又被武穆军阴了一下，在参谋本部的训斥下，畑俊六气得要剖腹，被部下死死拦住，参谋本部也发来命令：为了天皇，为了大东亚圣战，不得剖腹，继续为天皇效力。
接到参谋本部的电报，畑俊六偷偷地笑了：剖腹傻瓜才干，不过是做做样子！剖腹是逗中下级军官和士兵玩儿的游戏，高级将领都明白这个游戏规则。
虽然不用剖腹，畑俊六的日子也不好过：随着天气变暖，疫情越来越难控制，鬼子的细菌战专家也手忙脚乱的东扑西救。
委员长得到戴笠呈上的武穆军细菌战总结，马上分发到各战区，戴笠、周二狗各得一枚青天白日勋章。
周二狗不在乎勋章，却在乎全部到达的物资，专门开会讨论这批物资的使用、分配：阿司匹林、安定、磺胺等药品；5台x光透视机、20架显微镜、10套无影灯、手术床等医疗器械；1000架蔡司望远镜；100架炮队镜；1000辆自行车；100台各型号的无线电台、100部电话交换机、5000部电话、1000台收音机和10套广播发射台，5套火力发电机、5套水力发电机，2000支驳壳枪、2000支p28冲锋枪，500支98k狙击步枪，配套弹药20个基数，5套弹夹制作设备，100块手表、1000块怀表，2000个便携式闹表，2000把剃须刀，不到1吨的机床刃具、钻头，10000支勃朗宁自动步枪，1000挺勃朗宁轻机枪，配套修理设备10套，100挺勃朗宁高射机枪；榴弹机枪500具，各配弹药2000发，16个链向雷达站；100吨炼乳，1吨咖啡，1吨巧克力……
先安排大件儿：
5套火力发电机、5套水力发电机先交给舒金堂抓紧安装调试；
6个链向雷达站马上安装调试，建立防空预警指挥体系，其他10个链向雷达站送给重庆的戴笠，同时还有自行车500辆，电台50部，电话交换机50部，1000部电话机，500副炮队镜，500块怀表，1000块便携式闹表，5套广播发射台；
1台x光透视机捐给第一夫人组织的“妇女救国会”；
2套无影灯、手术床和一些药品“卖”给新四军；
建立3个广播发射台（其中2套备用），建立暗语体系，用于快速发布指令及部队娱乐；
6个链向雷达站建立电话联系，组成防空指挥中心，并投入36挺高射机枪，建立一个防空营，下设6个防空连，3个弹药连，一个通讯连，营长是向青云手下的王君山，由欧阳城负责，任防空指挥中心主任；
20具榴弹机枪给郑奇光做样品，其他480具一半作为储备，240具成立2个机动火力营，直属武穆军司令部，营长为原第四步兵大队一营三连连长金满楼、原第四步兵大队二营一连连长吴玉文；
私下里，又赠给顾祝通的第三战区100挺勃朗宁轻机枪，20块手表，100个便携式钟表；
咖啡、巧克力分配给周大狗，作为和洋人打交道的润滑剂；
炼乳则作为紧急给养储备；
其他物资则按需要配属部队后，作为储备……
委员长看到周二狗的“捐赠”清单非常满意：这些装备虽然不是枪炮等杀伤性武器，但像电台、电话、手表、闹表、炮队镜、广播电台都是部队指挥系统的紧俏物资，都是自己舍不得买的必需品，尤其是10个链向雷达站，有效地缓解了重庆被日军空袭的压力，降低了重庆工业基地的损失；也说明这个周二狗思维方式确实独到，是个不可多得的人才。委员长决心一定要把周二狗招致麾下。
正当武穆军忙于装备部队，支援国军时，畑俊六还在忙着扑灭鼠疫，致使鬼子第11军的“仁号作战”预定使用细菌战削弱国军后占领南昌的计划因为怕被报复而取消，原定3月初发起的进攻南昌的行动不得不推迟到4月份，对重庆实施细菌战的计划更是胎死腹中。