随后的几天，挪亚号给了勇敢号一份改造涡轮动力机组所需的材料清单，勇敢号拿着这份材料清单，便出到沙海当中，进行着小规模的狩猎战争，猎取战舰核心去换取改造涡轮动力机组所需要的材料，如此过了一个月，终于凑齐了所有所需的材料，然后提督带着她们二人来到城东的改造舰娘矩阵进行升级改造。
在大型军城里面，建立了许多矩阵，各个矩阵的分工不同，有的是换取材料的矩阵，有的是修复舰娘的矩阵，有的是改造舰娘的矩阵，有的是大建舰娘的矩阵，这些功能单一的矩阵搭建起来很简单，不需要多少精密的技术，不像天幻舰娘在海岛所建的哪一所全功能矩阵，那种矩阵无论是精密度还是原材料都达到了非常高的规格，比方说要使用一条铜线连接，如果换成了其他的铝线或者金线，都会引起矩阵的爆炸，没有一个非常优秀的研究舰娘，根本无法搭建矩阵，而没有矩阵的镇守府根本不可能生存下去。
无论是简易的矩阵还是全能的矩阵，搭建矩阵都需要一个必需品，那就是矩阵核心，这种矩阵核心无法从矩阵那里换取，唯一的来源只能够从战争中获得，天幻舰娘能够得到一个矩阵核心完全是幸运使然，许多s级的舰队都无法得到矩阵核心，没有矩阵核心就无法搭建矩阵，没有矩阵的镇守府根本无法立足，这样一来，便制约了很多规模强大舰队外出的独立步伐，团结在联合司令部里面，联合司令部也得到了充足的兵员来对抗日益强大的深海舰队。
大建舰娘很容易，只要将原材料投进矩阵里面，一瞬间，舰娘便从矩阵中出来，而改造舰娘却很复杂，需要花费很长的时间才能够改造完成，而且改造强度不同，也会引起花费的时间长短，比方说改造炮台口径，或者更换炮台的话，只需要十几分钟，改在舰娘动力系统的话，需要花费几个小时，纪商几个上次改在勇敢号的涡轮动力机组的时候，花费了五个小时，所以这一次他也需要在矩阵旁边等候五个小时。
不过幸好改造舰娘的人不多，就三个人排队改造，纪商排在第二，前面那个提督改造他的两个航母舰娘，十几分钟就完事。
轮到秦佐，他将手中的航海日志给了挪亚号，自己当过甩手掌柜，做到一边等候就是了。
至于改造舰娘，在天幻舰队没有研究舰的时候，提督改造舰娘是将舰娘和原材料一起扔进矩阵里面，然后在外面等待改造完成，这样做很简单，但不妥的是改造后的属性强弱没有一个准数，现在就不同了，他又了挪亚号之后，所有舰娘改造的任务都是由挪亚号制定和执行，要如何改造，改造哪一方面，需要什么材料，挪亚号全部列清楚，而且改造的时候，也不是将原材料和舰娘直接扔进矩阵而完事，挪亚号是要分工，先投哪一种材料，后投哪一种材料都非常有讲究，就连什么时候投放材料也被她拿捏在零点几秒的误差上，所以自从有了挪亚号的天幻舰队，在改造舰娘的方面上，每次改造都能够让舰娘们的实力得到最大限度的提升，不像以前一般靠赌运气。
挪亚号和勇敢号一起进入矩阵，勇敢号走进矩阵里的异空间，挪亚号走到操作台，先将航海日志放进操作台的契约生成阵当中，然后拿着将原材料一样一样地投放进入矩阵当中，提督在等候室里，矩阵的上方有一天改造进度条，他看着那缓慢移动的进度条，心里五味杂陈，他非常不乐意改造勇敢号，但现在自己如果不依附勇敢号的实力的话，根本不能够在自由要塞里生存下去，他想要摆脱这种现象就需要将衣阿华号复活，可是这种复活根本能够指定，谁也不知道下一次复活的舰娘是不是他所需要的舰娘，所以他现在很犹豫。
每个舰娘可以自由升级改造，不过舰娘们每升十级就会遇到瓶颈，要想再次升级，改造的时候需要加入王舰核心才能够突破，王舰核心很难得到，只有歼灭深海战王才能得到，深海战王都有智能，如果知道不能够打赢，便会逃跑，很少有傻子去送死，除非被逼到绝路，王舰核心除了可以让舰娘突破瓶颈之外，还有一个功效就是打造一件强度可以承受460毫米舰炮炮击的铠甲，所以就算有人收获了王舰核心，也会用来打造保命铠甲，没有人会用来突破舰娘的瓶颈，所以很多舰娘都会被卡着十级上面。
在以前，整个天幻舰队里面，只有勇敢号和梦幻99号使用战魂升级到十级以上，秘书舰衣阿华号等其他舰娘都是提升到了十级后，便一直卡在那里，勇敢号被拆解之时是二十级，所以她被复活后，便掉落到十五级，梦幻号也是一般，她战死的时候也是二十级，如果被复活，也会掉落到十五级，只有衣阿华号，镇冰号，镇霜号，白桦号都是十级，所以他们复活后会是五级舰娘，进取号还是一级，没有经过任何改造，所以她如果被复活，还是一级。一级是最低的级数，不能够再往下跌了。
排在秦佐后面的那个提督要改造三个舰娘，一个林肯号航母舰娘，两个大和号战列舰舰娘，都是复制舰，看那些舰娘的顺从表情就知道了。
那个提督也看到了勇敢号的改造进度，不由得不满说：“这个面生的提督，你的舰娘到底要改造什么地方，竟然需要花费那么长时间？”
越复杂的改造花费的时间越长，同样，等级越高，改造的难度也越高，改造的时间也会变成，改造复制舰只需要花费几分钟，改造原型机需要的时间是复制舰的五倍左右，一句话总结，改造花费的时间越长，改造后的舰娘实力就越为强大，这是基本共识，那个提督看到改造勇敢号的进度像蚁爬一般慢的时候，心中已经大约估算出秦佐的实力，知道这不是自己能够抗衡的实力，所以说话的时候充满笑意，一副亲热的样子。
纪商面无表情地说：“就是改造涡轮动力机组！她原先的涡轮动力机组以为无法提供给她完美作战的动力了。”
那个提督一怔，笑道：“你竟然将宝贵的改造机会浪费在动力机组上？”
“怎么？这有什么不妥吗？”秦佐提督有点疑惑地看着他
那个提督吃惊地说：“你不知道沙海舰队的行动是很缓慢的吗？动力不需要那么强大，它们也很难追的上舰娘速度，不过沙海战舰皮坚肉厚，普通的主炮根本打不穿它们的护甲，所以改造舰娘的火炮口径才是王道，你竟然拿着宝贵的改造机会浪费在动力机组上，真不知道你是怎么想的！就是你跑得再快，打不死沙海战舰也不能够获取战舰核心，这样的舰娘有什么用？”
纪商想起挪亚号说的话，说道：“进攻和行动的力量分配不均，涡轮机组无法提供舰娘足够的力量不足以消化主炮发射时带来的后坐力，将会影响到舰娘的行动，轻则让主炮失去准头，打不中敌人，重则能够让舰娘处于僵直状态，一旦被敌人围攻，岂不是死无葬身之地？”
那个提督语重心长地对秦佐说：“兄弟，没有任何一个提督会指挥者舰娘和沙海战舰进行白刃战，都是边打边退的放风筝模式，沙海舰队根本冲不到舰娘的身边好不好，就算是僵直了，也是几秒钟的事情，不会影响战局，反而是炮舰的口径是很大的问题，初始的战列舰舰娘的三联主炮口径一般都是270mm，这种主炮要歼灭一只沙海舰队，非要命中七八十炮不可，如果改造成了360mm的三联主炮，只需要炮舰十五之二十炮便可杀死一个，这样一来，效率差上太多，所以改造的时候，尽量提高火炮的口径，这是我在自由联盟呆了两年时间的经验之谈！我的大和号战列舰的主炮口径已经升级到了403mm，这次升级的话，可以改造成460mm的主炮口径，这可是原型舰的标准口径，相当于我拥有了一艘大和号原型舰！”
秦佐说：“你不会是一直在提升主炮的口径而没有改造过其他方面吧？比如说航速，规避等动力协调系统还有运载空间，预警雷达等方面？”
那个提督说：“这些方面想比主炮口径来说，都是次要的！你可是知道如果我的大和号主炮如果升级到了460mm口径的话，只需要五炮便可以歼灭一艘沙海战舰，我的主炮是三联的，所以只需要打出两次，便可以轻易歼灭一艘沙海战舰，你说我的效率得提高到什么地步！”
秦佐又说：“你的大和号现在的僵直时间是多少！”
这可是关系到舰娘的隐秘数据，秦佐已经问到别人的机密上去了，那个提督果然避而不谈，说道：“你的舰娘需要花费那么长时间来改造，她是秘书舰吗？”
秦佐摇头说：“不是，只不过是一艘主力舰娘！”
那个提督说：“主力舰娘就是秘书舰啊？这没什么区别吧？难道你还有比她更加强大的主力舰娘？”
秦佐惊讶地说：“主力舰娘怎么充当秘书舰？”