1883年8月27日，丁云桐正式向内务部下令，逮捕所有正受监控的日本间谍，彻底捣毁其在华的情报网，如有反抗，格杀勿论。
命令的末尾有两句醒目的话：
宁可错杀一千，不可放走一个！
活的没有，死的也成！
随后的几天里，遍及全国的大逮捕开始了。
在间谍密集的上海，早已准备就绪的数百名内务部秘密警察，全部手持柯尔特左轮手枪，对所有的间谍机构同时发动了袭击。
在昆山路，秘密警察冲进了玄洋社建立的东洋学馆，要里面所有的人全部举手跪下。正有几个东洋浪人，夹杂在十几名真正的日本留学生当中，叫嚣着要冲出去。眼见于此，秘密警察立刻就是一顿乱枪，将这些人全部打死了；
在浦东，日资的广业洋行，被秘密警察破门而入，其负责人松田满雄被当场逮捕；
在河南路，相邻的日清贸易研究所，以及乐善堂上海分店，被同时查封，日本间谍商人岸田吟香以及陆军大尉根津一，当场被秘密警察击毙；
在汉口，乐善堂汉口分部遭到搜查，荒尾精在被逮捕前，挥刀自尽；
在天津，松昌洋行以及天津乐善堂分部也被查封，负责人泷川具和、川畑丈之助随即被抓；
北京的青木宣纯逃跑途中被杀；山东烟台的宗方小太郎反抗被击毙；湖南长沙的钟崎三郎被捕；杭州的藤岛武彦自杀；假扮和尚，躲在浙江普陀山法雨寺的高见武夫跳海自尽等等，大批间谍几乎在一天之内被扫荡一空，日本用十几年时间，辛苦建立的间谍网几乎是被连根拔起了。
内务部马上对活捉的间谍，进行了残酷的突审，在确信已经榨干了一切有用的资料后，全部装上火车，连夜送往北京。
27日晚，数十名秘密警察涌入了军机处行走何如璋的家中，并将万分错愕的楢原陈政五花大绑带走，从他床下搜出大量资料，以及抄录的何如璋日记。见此，何如璋面如土色，嘴唇颤抖，被内务部一同绑走了。
楢原陈政泪流满面：“义父，是我害了你，我对不住你！”
何如璋不理他，自己却是捶胸顿足：“我昏聩，不察奸人计谋，有负君王，有负国家啊！”
30日，北京香山双清别墅，日方代表团驻地，首席代表井上馨拿着国内发来的电报，正与伊藤博文商量。
在电文中，日本政府基本同意了目前双方达成的各个共识，但还是有了新的指令：根据间谍的报告，朝鲜北方的铁路进展迅速，竟然已经抵达了平壤，大大超过日方的估算。因此日本政府要求伊藤等人，在双方的谈判中再次附加条件，要求中国暂缓铁路的修建。
在随后的瀛台会谈中，日方果然提出了这个要求，这让早已不厌其烦的李鸿章，更是火冒三丈。在向皇帝的汇报中，他直言日本人“狡顽无耻，不足与之共语。”
丁云桐却是一脸的灿烂，他不生气，只觉得好玩，他首先慰劳了李鸿章几句，毕竟扯淡了这么久，没有功劳也有苦劳啊。
然后，丁云桐很淡定的告诉李鸿章，不必再与日本人纠缠了，让他们直接滚蛋！之前的一切谈判一律作废！不过在此之前，要给他们看一场好戏，以示送别之意。
听到这话，李鸿章激动的热烈盈眶，他终于明白所谓的中日会谈，纯粹是皇帝在“逗你玩儿”。这些日子他可是憋了一肚子的火，现在总算是能发泄一下了。
8月31日，双方的会谈再次进行，但这一回会场气氛大为不同，中方代表个个表情暧昧，而李鸿章则是一脸的兴奋，甚至身子都微微颤抖。他直接干净利落的打断日方发言，说道：“由于日本代表一再提出蛮横无理的要求，可见日方毫无解决任何相关问题，改善两国关系的诚意。因此，本大臣正式宣布，谈判到此结束！同时中方严正要求日方立刻释放琉球国王，无条件归还窃占的琉球群岛。同时，中国将根据自己宗主国义务，对日本在朝鲜非法经济行为进行全面的清查！”
井上馨等人目瞪口呆，完全不明白事情竟会发生这样的转折，之前的融洽气氛，去哪儿了呀？慌乱之下，伊藤博文赶紧声称任何条款都可以重新探讨。
但李鸿章却不为所动，在尽情欣赏了一番日方人员的精彩表情后，中方人员全部离开了会场，只留下呆若木鸡的日本人。
9月1日，丁云桐下令，邀请日本使团以及驻华公使榎本武扬等，一起前往宣武门外的菜市口“观礼”。
日本众人不明其意，正午时分来到菜市口。
只见此地早已是彩旗林立，花团锦簇，弄得像过年过节一般。两旁酒肆茶楼人山人海，中间空地上，方阵一般排列着几十架铡刀，每个铡刀上都躺着一个犯人，手脚拴在前后的木桩上，动弹不得，腰部上方正对着雪亮的铡刀口。
日本人这才明白，所谓的“观礼”，原来是叫他们来观看腰斩犯人的。
所谓腰斩，就是刀斧将犯人从腰部一分为二，“手足异处”。听起来残忍，其实最开始是一种文明进步，早期殷商时代的死刑，都像是在吃人肉，如“醢”是把人剁成肉酱，“脯”是把人做成肉干，“炮”是把人烤成熟肉，而“镬烹”是把人煮成肉羹。
直到周代，渐渐文明起来，才用“斩杀”代替“烹饪”，斩就是腰斩，杀就是砍头。开始是刀斧，jishu难度较大，逐渐改用铡刀，又快又容易，包公的三口铡刀就是用来腰斩用的，而不是铡头。
此前中国历史上zuihou一个被腰斩的，是雍正年间的湖北学府主考官俞鸿图，由于泄露考题而被处此极刑，雍正觉得确实太惨了，就下令废除了腰斩。
今天，丁云桐又把这个极刑搬了出来，准备给前方出征的将士好好血祭一下。
突然，榎本武扬惊叫起来，他是军人出身，曾担任过海军卿，而且是海军中将，明治政府的高级将领他都很熟。
他在望远镜里，发现躺在最中间的犯人，竟然是前段时间失踪的陆军少将川上操六。他立刻告诉了其他人，整个日本使团一片哗然，正要派人去交涉，空地却已经开始行刑了。
只见一声号令，数十把铡刀一起切下，刽子手抓住犯人的双脚一拉，围观人群轰然一声，受刑者已经一分为二了。
鲜血如泉涌，汩汩流出，大多犯人还未死透，川上操六两眼翻白，上半身还在那蠕动，双手漫无目的在地上来回的抓挠。
楢原陈政则是双肘撑地，颤抖着，竟然还能缓缓往前爬行，身下的鲜血不断喷涌而出，仿佛刷油漆一般，在空地上留下了一大片印迹。此时，他的心里能想到什么呢？后悔来中国当间谍？或者怀念家乡的樱花？
犯人的血很快汇成了一滩滩，在正午炙热的阳光烘烤下，把整个菜市口蒙上了一层朦胧的血腥气。眼见如此惨状，日本使团中有胆子小的，当场就晕了过去。
在过去的几天里，从全国各地押解进京的日本间谍，今天全部被当着日本人的面，当众腰斩。
这不是示威，这是丁云桐的政治暗示：中日之间的对决，将是你死我活，赤裸裸的血腥和残暴，没有怜悯，没有宽恕，没有余地，没有退路，只有杀戮和灭绝。
当天榎本武扬向中国政府提出严正地抗议，指责中国无端用酷刑杀害无辜的日本公民。中国外务部回复，被处决的是一批间谍，没有任何所谓“无辜的日本公民”，并反驳日方公使干涉中国司法内政。
事已至此，伊藤等人已经无法再待下去去了。9月2日，日方就匆匆启程回国了，在码头上，伊藤和井上，发誓除非是武力占领中国，否则决不再踏入中国一步了。
经过几天航行，日本使团于9月5日刚抵达马关，就收到了天皇的命令，要求立刻赶往东京，参加紧急会议。
原来就在使团离开中国后，9月3日，日本驻朝公使竹添进一郎向国内发来急电：朝鲜政府于9月2日，突然颁布了三道禁令。
首先是防谷令，禁止向日本出口任何谷物，包括大米、油菜、甜菜、粟、高粱、大豆等等，尤其是大米，更是严禁输出，凡有触犯者，一律斩首。
其次是限金律，禁止向日本输出黄金，凡有触犯者，一律斩首。
zuihou是禁布谕，禁止从日本进口任何纺织品，凡有触犯者，一律斩首。
9月7日，日本召开紧急御前会议，而在这短短几天里，日本国内已经炸开了锅。朝鲜断绝经济联系的消息，在各大报纸刊出后，很快就传遍了日本全国。各地的大米价格应声暴涨，大米经销商趁机囤积居奇，以牟取暴利。东京，大阪，名古屋，京都，广岛，长崎，神户，福冈，熊本等各大城市，米价每天都以一到两成的速度上涨，几天之内价格已经翻了一番。相应的大麦，小麦，荞麦，豆类，蔬菜，海鲜类，味增等，所有食物的价格也迅猛飞涨，接着所有商品价格全都恐慌性跟着暴涨，底层的百姓本就生活艰难，突遭这般打击，顿时一片哗然。
此三道命令一颁布，日本的经济血脉被一手掐断了，日本人最当心的情况出现了，东亚局势除了战争，已经别无他途。