蜀军撤退过程中，依照诸葛亮的遗计，成功骗过司马懿，安然退军。但是，自己内部，却出了大问题。
诸葛亮在军中最为依赖的有两个人，一个是前军师魏延，一个是长史杨仪。
之前就说过，魏延此人勇猛过人，年轻的时候就深得刘备器重。当时，刚拿下汉中，就被刘备任命为汉中太守。而且，魏延善于带兵，深得士兵拥戴，麾下将士在战场上无不效死命。
但是，魏延几次请命出奇兵袭长安，都被诸葛亮否定，导致魏延对诸葛亮颇有怨言。经常对人说，自己的才华无处施展。
杨仪此人，为人干练聪敏。诸葛亮每次出军，都是杨仪帮忙处理后勤，规划分派物资，调度、筹划粮草。杨仪脑子好使到什么程度呢，就是无论多少物资，根本不用算筹，只需口算、心算，转眼便能分派好。
诸葛亮最为依仗二人，但是，此二人却颇为合不来。
魏延为人高傲，自矜功伐，当时军中诸将都让着他。
杨仪这人呢，也是有才。这人有了才华呢，他就傲。从来不把魏延放在眼里。
两个高傲的人碰在一起，谁也不让着谁。本来没什么仇，没什么怨，却因为性格搞得水火不容。诸葛亮爱惜两人的才华，一直想让两人尿到一个壶里，可是没成功，深以为憾。
曾经有一次，费祎奉命出使东吴。孙权喝醉了，问费祎：“听说杨仪、魏延二人不和，不知是真是假呀？”
费祎突然听孙权这么问，心里懵逼了一下。但孙权好歹也是皇帝，自己还是要给面子的。只当是回答他的醉话：“此二人一文一武，性格上有一些不同，这也是常见情况，哪儿都有嘛。”
孙权说：“不然，这两个人不过是汉主用来看门的。虽然有防盗、看家的本事，但是，久在外面镇守边关，手中握有大权，一旦诸葛丞相出现点儿什么问题，谁能制伏得了呢？”
费祎说：“不至于，不至于。这俩人虽然不和，不过是性格不和，私下里的小问题，还牵扯不到政治上。不会像黥布、韩信一样，危及到国家安危。”
孙权则抓着不放，继续说：“你们呐，太过昏聩，不知道早作打算，难道将难题留给子孙吗？”
费祎也解释了：“现在多事之秋，正值国家用人之际。应该广纳贤才，用好他们的长处。怎么能因为一些问题，就把他们全都废黜了呢？”
事实证明，孙权作为帝王，眼光还是很独到的。诸葛亮病危以后，果然二人矛盾爆发，几乎倾危社稷。
诸葛亮病危时，给诸将分派任务。令魏延断后，姜维次之。如果魏延听从命令最好，如果魏延违抗，那就不理他了，众军只管出发。
等诸葛亮病逝，杨仪秘不发丧，命费祎前去见魏延，打探魏延的想法。
费祎见了魏延，问道：“现在丞相仙逝，军中唯有魏将军最有威望，不知将军有何打算？”
魏延没有直接回答，而是反问费祎：“丞相生前可有什么遗言？”
费祎不敢隐瞒：“丞相恐司马懿趁机来袭，大军崩溃。故令将军您断后，姜维次之，杨仪都督大军缓缓而退。”
魏延不满地问：“丞相虽然故去了，我不是还在呢嘛？难道因为一个人去世，就置天下大事于不顾？”
费祎看出来了，还是丞相有先见之明，这魏延根本没打算退军。于是，与魏延虚与委蛇：“但凭将军吩咐！”
魏延跟费祎说：“我欲命丞相府中的官员带领丞相遗体回去安葬，我来统帅众军继续北伐，文伟以为如何？”
费祎赶紧表态：“现在丞相殡天，唯有将军能擎起这北伐的大旗了。”
于是，魏延将费祎留下，与自己一同规划如何统领军队。为了使众军能够听从自己指挥，魏延邀请费祎与自己一起，联名写下文告，传达诸军。
费祎趁机对魏延说：“杨长史不过是一介文吏，不谙军事。这样，我亲自去跟他说，肯定让他听从命令，率领诸军前来拜谒将军。”
魏延心中大喜：“哼！我魏延是什么身份，堂堂征西大将军，怎么可能去受他杨仪的节制，给他断后。”
费祎保证说：“将军放心，凭末将这张口，定让杨仪来亲自拜谒将军。我倒要看看，就算他杨仪不来，军中诸将是跟他还是跟将军您！”
魏延听费祎这么吹捧自己，老怀大慰，哈哈笑道“哈哈哈。。。国家大事就全拜托文伟了！”
费祎得了机会，飞马而去。不久，魏延后悔了，担心费祎一去不返。赶紧命人前去追费祎，却哪里还追得上。
魏延总觉得心中不自安，派人前往大营打探杨仪等人的东向。不久，心腹回报，称杨仪等人准备一切按照诸葛亮定好的策略进行，诸营依次退军。
魏延大怒，趁杨仪还没出发，先率领麾下直接向南返回。不仅如此，还将沿途栈道全部烧毁。
魏延、杨仪二人分别给后主刘禅上表，称对方谋反。一日之间，羽檄交驰。
刘禅看着二人的奏章，一脸蒙逼，根本无法判断谁是谁非。然后请侍中董允、留府长史蒋琬前来，请二人帮忙判断。二人不知为何，都向刘禅保证杨仪不会谋反，怀疑是魏延叛乱。
杨仪命士卒赶紧打通栈道，昼夜兼程，紧跟着魏延往汉中撤退。
魏延占据南谷口，派兵攻打杨仪等军。杨仪不得已，派将军何平为先锋，抵挡魏延。
何平率军来到南谷口下，也不发兵攻打，而是怒斥魏延麾下士卒：“诸葛公刚刚仙逝，尸骨未寒，你们想干什么？造反吗？”
将士们虽然平时拥戴魏延，但是，现在诸葛亮刚死，魏延就派他们攻打自己人。将士们都认为魏延理亏，不应该如此。于是，纷纷放下兵器，自行散去。
魏延看自己成了光杆司令，知道大势已去，便带着儿子魏和率麾下数人逃亡，直奔汉中。
杨仪当即命马岱率军追赶，将魏延父子当场格杀。马岱将魏延的人头带回来复命，杨仪拿脚踩在魏延的头上。恨恨地说：“庸奴，还能再作恶吗？”于是，下令将魏延夷灭三族。
魏延曾经做过一个奇怪的梦，梦见自己头上长角。觉得奇怪，便让叫一个赵直的神棍来给自己解梦。
赵直骗对魏延说：“头上长角的，那是麒麟呀！并且，麒麟作为瑞兽，从来不用自己的角去战斗。这说明将军您将立大功，不战而屈人之兵！”
魏延非常高兴，大大奖赏了赵直。
谁知，赵直私下里却对别人说：“角字分开，就是刀下面一个用字。也就是头上用刀的意思，大凶之兆呀！”
赵直这么说，如果让魏延听到了会怎么想。作为武将，有胸肌应该正常，但是，男人有凶兆就不正常了吧。
其实，当时魏延根本就没有谋反的意思。他一直想着，返回汉中后杀掉杨仪，然后能够继承诸葛亮的位置，成为辅政大臣。所以，在士卒离散后，魏延依然是朝南逃回汉中，而不是朝北投奔曹魏。
蒋琬率领数营御林军，向北进发，准备平息叛乱。可是，刚走数十里，魏延的死讯就已经传来了。于是蒋琬干脆回了成都。
杨仪等人返回汉中后，一切按照诸葛亮的遗愿，将诸葛亮葬在汉中定军山。依山为坟，墓穴仅能放下一口棺材，随葬也就一些四季衣服，不陪葬贵重物品。
后主刘禅下诏吊唁，并派左中郎将杜琼持节前往汉中，赠给丞相武乡侯印绶，谥号为忠武侯。
诸葛亮临终前曾上书给刘禅，称自己在成都有八百株桑树，十五顷田亩子孙衣食能够自给自足。待自己死后，不能使家里有多余的财产。
丞相长史张裔经常称赞诸葛亮说：“诸葛公为人最为公正，赏赐将士的时候，从来不遗漏一个人，哪怕跟自己没有交情。处罚人的时候，绝不会因为是自己亲近的人就有所偏袒。封赐爵位的时候，绝对不会给无功之人，用刑的时候，绝对不避权贵。这也是国内所有人都愿意为他忘身奉献的原因。”
陈寿在《三国志》中评价这样诸葛亮：“诸葛亮之为相国也，抚百姓，示仪轨，约官职，从权制，开诚心，布公道；尽忠益时者，虽雠必赏，犯治怠慢者，虽亲必罚，服罪输情者，虽重必释，游辞巧饰者，虽轻必戮；善无微而不赏，恶无纤而不贬；庶事精练，物理其本，循名责实，虚伪不齿。终于邦域之内，咸畏而爱之，刑政虽峻而无怨者，以其用心平而劝戒明也。可谓识治之良才，管、萧之亚匹矣！”称诸葛亮能与管仲、萧何相比。
杨仪将军队安全带回汉中，又诛杀了魏延，常常认为自己功劳最大，应当代替诸葛亮主持朝政。
而诸葛亮认为杨仪性格狭隘，曾指明由蒋琬代任。朝廷便任命蒋琬为尚书令、益州刺史。
等杨仪返回成都，被朝廷拜为中军师，手下没有兵将，只是个闲职。于是，杨仪不满朝廷安排，处处出言不逊。大家都不敢说他，唯有后军事费祎对其很失望。
后来，有一次，杨仪对费祎说：“当时丞相无常，如果无举兵向北，投靠魏国，现在肯定是位高权重吧！唉，悔不当初呀！”
之前杨仪出口不逊，诽谤朝廷，费祎也只是对其失望。现在竟然说出如此大逆不道之言，费祎对其痛恨不已，密奏朝廷。
建兴十三年，杨仪被废为庶民，贬谪到汉嘉郡。杨仪都被贬了，竟然还不知悔改，不断上书诽谤朝廷。于是，郡守将杨仪收入大牢。
杨仪知道自己没希望了，便在狱中自杀。杨仪死后，其妻子家眷又返回了蜀中。
当初，长水校尉廖立自负才华，常常口出怨言，诽谤朝廷。被诸葛亮废为庶民，贬谪到汶山。诸葛亮死后，廖立哭着说：“吾终为左衽矣！”意思是说，自己将终老在蛮夷之地，再也没有回到庙堂之上的机会了。
还有一个李平，常常希望诸葛亮哪一天突然想起他，能够让他返回朝廷。当听到诸葛亮的死讯后，知道之后再也不会有人启用他了，发病而死。其子李丰倒颇受朝廷重用，官至朱提太守。
蜀汉百姓思念诸葛亮，纷纷请求为其立庙祭祀，后主刘禅不听，百姓便逢年过节在路边祭祀。步兵校尉习隆等人上表，请求在诸葛亮墓旁边立一座庙，官方主持祭祀，不让百姓在路边胡乱祭祀了。于是，后主答应，在沔阳为诸葛亮立庙。