生活在19世纪中叶岭南的市井人物，倘对现实有那么一点点不满，对秘密社会、团体有那么一点点好奇，几乎不太可能和天地会、或天地会变种的五花八门堂口绝缘。
洪秀全的太平天国是信奉拜上帝教的，认为天下只有一个“帝”——“太平天王大道君王全”洪秀全，以及被他过继给天兄耶稣、从而兼祧“哥朕”(耶稣和洪秀全)的“代代幼主”；而天地会则崇拜五花八门的神祇，可以说有很多信仰、也可以说没有信仰，认为唯一合法的帝王世系，是明代朱姓帝王的嫡系朱某太子(究竟是几太子，不同派系的天地会可能还要争一争)。如果说在“天上”即信仰层面，上帝教和天地会尚可勉强相容，那么在“地上”即谁是皇帝这个“大是大非”问题上，两派可谓水火不相容，照理不应有甚瓜葛才是。
但事实上却正相反:“长毛”自始至终，就根本应被他们视作“邪教”“反贼”的天地会眉来眼去，纠缠不休。
目前所能查到、太平天国正面批判天地会的资料，只有洪仁玕假托洪秀全，在《太平天国起义记》里指责天地会不能应时而变，不懂得如今应“努力开创新朝”而仍想着反清复明。并抨击了天地会内所流行的某些秘密社团陋习。但这份资料并非直接源自太平天国内部，而是由当时远离太平军、客居香港的洪仁玕转述，这位转述者素有“为尊者讳”、为“革命宣传需要”而任意剪裁修饰历史，尤其编造洪秀全父子“神话”以抬高二人的“光荣传统”，这番话是否真是洪秀全所言，恐怕只能打个折扣。
而太平天国自身的官样文书中，几乎没有直接指斥天地会及其宗旨的文字。《金陵杂记》中收录了一封东王杨秀清1853年定都南京后写给上海小刀会(天地会分支)首领的诰谕，尽管这份诰谕用上级命令下级的口气，让后者“识时务者为英雄，知进退者为俊杰”，承认洪秀全是君主，并含蓄责备后者“率众来归”太晚，但并未指责其天地会背景有什么不妥，反倒用“高官显爵”加以鼓励。相反，太平天国官书中，甚至直接肯定过天地会的宗旨。
1852年在广西永安州，以杨秀清、萧朝贵两位军师连衔发布的《奉天诛妖救世安民谕》中说，“况查尔们壮丁，多是三合会党，盍思歃血洪门，实为同心同力以灭清，未闻结义拜盟，而反北面于仇敌也”。“三合会”“洪门”都是天地会的别称，“壮丁”则是清廷临时招募的非正规军，杨、萧所针对的，是原有天地会众身份，却应招加入清方的“壮丁”，所谴责的，是这些“壮丁”对“歃血洪门”“结义拜盟”的背叛。自然，“歃血洪门”和“结义拜盟”本身，则自然是值得肯定、称赞的好事。
太平天国对天地会众采取这种事实上接纳、包容的态度，是一种现实主义的姿态。
首先，天地会从清初开始活动，在两广根深蒂固，上帝会信徒中有不少同时也是天地会信徒，如洪秀全第一次去广西传教时就跟随前往的堂兄、后来封为恤王的洪仁政，被俘后的供词里就说，自己因为“拜兄弟”(参加天地会活动)被团练烧掉了住房；洪秀全的许多亲属，如姐夫钟芳理和几位女婿，也都和天地会有瓜葛。
其次，天地会和清方冲突历史悠久，拥有一大批善战精悍的核心会众，这是从宗教团伙刚刚演变，主体是普通农民且拖家带口的上帝会众所望尘莫及的。早期被俘的太平军士兵覃汉阳就供称，在永安州期间，太平军打仗“全靠”罗大纲、陈得清、吴七三部，罗大纲本人是天地会老将。和清廷相比，太平军一直处于弱势，自然不会将天地会众多语言相通、骁勇善战的盟军拒之门外。
第三，天地会在太平天国兴起时恰遇到诸多麻烦，又对太平天国始终存在一些“美好的误会”。
金田起义时，广西虽然号称“糜烂”，但主要的“匪患”并非一开始仍罩着合法面纱的上帝会，而是早就被清廷打入另册的天地会。等到了后期，太平军固然势弱，天地会的日子也同样不好受，两家继续“抱团取暖”直至双双转回昔日的秘密社团状态，就更顺理成章了。
不过上帝会和天地会终究是“两码事”，在洪秀全心目中，“黄旗”(上帝会众)和“花旗”还是内外有别的，“黄旗”是“自己人”，“花旗”则只是盟友，是“游兵”，可以任用、笼络，但不能完全信任。事实上，“花旗”本身，也是要分作三六九等的。
1855-1856年间在湖南、江西等地成建制投入太平军(包括此后类似情况下投入)的天地会众，他们是真正的“花旗”，被授予和太平军其他部队完全不同的花色旗号，是一望而知的“非嫡系”，从俘虏供词看，直到1860、1861年还经常因为那面花旗而遭“黄旗”排挤，等天京陷落、“黄旗”灰头土脸，实力相对完整、又有传统的秘密社会归宿可去的花旗则扬眉吐气，趁机报复。
在“花旗”成建制加入前，也有许多天地会人马归附太平天国，这些人并没有被单独编为“花旗”，而是和普通太平军一样被列为“黄旗”，本人官爵、所部编制，都和正规太平军如出一辙。
但这些天地会系统的“黄旗”，在太平天国上层眼里，其实是“亦黄亦花”的另类。
但倘是和“真黄旗”相争，就是另一回事了。罗大纲在太平天国起兵之初，可谓主力中的主力，但官爵始终比嫡系差了一大截。另一位著名天地会头目刘官芳，在天京事变前也一样混得灰头土脸，直到顶头上司、“真黄旗”韦俊叛降清方，他才总算熬出生天，继承了韦俊留下的右军主将封号。
当然，“假黄旗”也并非只吃亏、不占便宜。多部时人记载表示，罗大纲等部在军纪上享受“虽不法亦不问”的特权，以至于同样是广东人、其中许多人也是秘密天地会众的清方辅助武装“潮勇”，在湖北半壁山被打败后，都甘愿投入纪律松弛的罗大纲部。不过这一“特权”同样表明，“天地会黄旗”在“真黄旗”心中，始终不是纯粹的“自家人”。